หลังจากสงครามนินจาครั้งที่ 4 สิ้นสุดลง นารูโตะ อุซึมากิ ได้กลายเป็นโฮคาเงะรุ่นที่ 7 แห่งหมู่บ้านโคโนฮะ และได้แต่งงานกับ ฮิวงะ ฮินาตะ มีลูกชายด้วยกันสองคน คือ โบรูโตะ และ ฮิมาวาริ เรื่องราวของเราจะ聚焦ไปที่ โบรูโตะ ลูกชายคนโตของนารูโตะ ที่กำลังเติบโตขึ้นมาเป็นนินจาในยุคสมัยที่สงบสุข โบรูโตะ เข้าเรียนที่โรงเรียนนินจาโคโนฮะ และได้ร่วมทีมกับ ซาราดะ อุจิวะ ลูกสาวของซาสึเกะและ
ซากุระ และ มิตสึกิ เด็กหนุ่มลึกลับที่มีพลังแปลกประหลาด ทั้งสามคนอยู่ภายใต้การดูแลของ โคโนฮามารุ นินจาหญิงผู้เป็นหลานสาวของโฮคาเงะรุ่นที่ 3 ในขณะที่เหล่านินจารุ่นใหม่กำลังฝึกฝนเพื่อเป็นนินจาที่เก่งกาจ ก็เกิดเหตุการณ์ประหลาดขึ้นในหมู่บ้านโคโนฮะ มีผู้คนจำนวนมากถูกสิงโดยสิ่งมีชีวิตที่เรียกว่า "โกสต์" ซึ่งสามารถเข้าสิงร่างของมนุษย์และขโมยจักระได้ โบรูโตะเป็นเพียงคนเดียวที่สามารถมองเห็นโกสต์เหล่านี้ได้ และเขาก็สงสัยว่าเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นเกี่ยวข้องกับอะไร
